清朝政權是滿州貴族依靠八旗兵而建立起來的。「八旗」原是努爾哈赤時設置的一種制度，它既是行政單位，也是軍事編制。設置初期，由於訓練有素，因此戰鬥力強。入關後，其組織略有變革，發展到後來，八旗軍腐化不堪，終為綠營所取代。
八旗制度是從女真人打仗、狩獵時採用的「牛彔」制度的基礎上發展起來的。他們每十人編成一組，稱為牛彔。後來努爾哈赤把一牛彔擴充為三百人，每牛彔設額真（佐領）一人，管理該牛彔的一切事務。其下再設代子（驍騎校）二人，章京四人，撥什庫（材領催）四人。又以五牛彔為一甲喇，五甲喇為一固山，意即為「旗」，置固山額真（入關後稱為都統）一人，梅勒額真（副都統）二人。
八旗都有特定顏色的旗幟，〈清朝文獻通考．兵考〉謂：
「以初設四旗為正黃、正白、正紅、正藍，增設四旗為鑲黃、鑲白、鑲紅、鑲藍。黃白藍均鑲以紅、紅鑲以白，合為八旗。」
八旗之中，又以鑲黃、正黃和正白為「上三旗」，地位較各旗為高。所有女真人都分編在八旗之中，每一旗的固山額真由和碩貝勒（部長）擔任，稱為「旗主」，一般人民稱為「旗下」。努爾哈赤是八的總首領，各旗旗主都是努爾哈赤的子侄，但遇有軍政大事，是需要召集各旗主共同商議的。當時，八旗總兵力為六萬人左右。
皇太極時，有由歸附的蒙古人和漢人分別組成的蒙古八旗和漢軍八旗，合共二十四旗，其編制與滿州八旗相同。是時旗兵約二十萬，滿州人就是藉此而席捲東北，入關征戰，所向披靡。
入關以後，八旗兵以征服者自居，養尊處優，逐漸喪失了昔日驃悍粗獷的尚武風氣。驕惰腐化，使武備廢弛，整個機體便日益崩壞。儘管八旗兵的待遇優厚：清政府在北京城附近圈佔大量土地，作為八旗兵的壯丁地。又建立了正規的兵餉制度，餉銀已多於七、八品官的俸祿，但是壯丁地有限，而兵額卻不斷增加，旗人的生計越來越窘迫。選拔士兵，已非體健藝精者，而是生活困難者。結果在嘉慶年間，八旗兵雖有五十萬，但質素極劣，終為綠營所取代。
八旗制度原是一種把女真人用軍事組織的形式編制起來的軍政合一制度。旗丁「出則為兵，入則為民」，「無事耕獵，有事征調」。因此也是一種寓兵於農的制度。這一制度使女真族各部的聯繫得到鞏固，軍事力量得到加強，社會生產力得到提高。既推動了女真社會的發展，又帶來了侵明戰爭的勝利。
清初定制，八旗男丁十六歲以上者皆要服兵役，兵籍是世襲的。最早是七千五百人為一旗，設都統一人，副都統二人。都統下設五參領，每參領下轄五佐領，每佐領三百人。以後八旗的數目不變，但佐領增多，兵額達二十餘萬。
滿族入主中國後，八旗兵除直接調派從事征伐外，還負責控馭全國的鎮懾任務。由於形勢的需要，八旗再不能維持以往的組織結構不變。於是八旗兵便按任務分為京營和駐防兩類，直接由國家統轄，不再屬於旗主私有。
京營八旗的兵稱為「禁衛兵」，駐扎在畿輔周圍，擔負著保衛滿清中央政權的任務。其中負責保衛宮廷的親軍叫「侍衛」，由上三旗官兵充當；以勛戚大臣統領的，名叫「領侍衛大臣」。守衛京師政府各部門的軍隊叫「兵衛」。當中又分護軍營、步兵營、驍騎營、前鋒營等。各營之中，又以驍騎營的人數最多，它包括滿、蒙、漢各旗，由各旗都統直轄。其他各營則分別由八旗組織中抽撥出來的人員組成，並由皇帝選定的統領大臣分領。因此京營八旗建立後，已非原貌。上三旗原則上為天子親軍，專任郎衛，保護宮廷安全。京營八旗除少數郎衛外，一般都是兵衛，負責整個京城警衛以及圓明園、陵寢等地方的守衛。
駐扎在各地的八旗兵為「駐防兵」。駐防八旗設若干營，分駐各省重要關隘、城鎮，作為鎮守地方的主力。他們有單獨的營區，不與漢人同處。而各地的駐防兵，根據政治、經濟和戰略地位可以分為三類：第一類為各省會所在地，設將軍一人統領全省駐防之旗兵。第二類為各省重鎮，設都統或副都統領之。第三類為各省要害之地，設城守尉或防守尉。各處駐防兵多則二萬餘人，少則一、二百人，其中以畿輔和東三省分佈最廣，內地則較集中。此外，還有以駐新疆為主的邊區藩部駐防軍，可見清政府對八旗軍隊的重視。
